Jižní Čechy nepoutají pozornost jenom malebnou krajinou, ale i tím, že pravidelně zaujímají výborná umístění v žebříčcích hodnocení kvality života. K pozitivním výsledkům nepochybně přispívá dostupná a bezpečná zdravotní péče spolu se solidními možnostmi v oblasti vzdělávání v regionu.
Nad tím, jak vznikla, jak by měla pokračovat a co přinese aktivní spolupráce regionálních pracovišť a soukromého sektoru jsme se pokusili zamyslet v rozhovoru s doc. RNDr. Jindřichem Chmelařem, Ph.D. z Katedry medicínské biologie na přírodovědecké fakultě Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích.
Co bylo na začátku? Je možné někomu ze zúčastněných osob nebo institucí přiznat zásluhu za počáteční impuls, který vším pohnul?
Myslím, že v Českých Budějovicích byla v poslední dekádě čím dál víc cítit potřeba efektivního vědecko-výzkumného propojení tří nejvýznamnějších institucí v Jihočeském kraji, zaměřeného na biomedicínu a diagnostiku. Jedná se o Nemocnici České Budějovice (NČB), která patří mezi největší a dlouhodobě velmi dobře hodnocené české nemocnice, Jihočeskou univerzitu (JU) a Biologické Centrum AV ČR (BC), které jsou nejvýznamnějšími vědecko-výzkumnými organizacemi v kraji. Jak JU, tak BC s NČB již v minulosti spolupracovaly na společných výzkumných projektech, především v oblasti infekční biologie, resp. infekčního lékařství.
Okolo roku 2012 byl připraven projekt s názvem Badatelna, který mohl být průkopnickým projektem zaměřeným na digitální zdraví. Byl zaměřen na vytvoření jednotné pacientské databáze, která by byla přístupná pro vědecké účely, např. korelační studie, porovnávání různých skupin pacientů apod. Projekt nakonec nebyl podán, nicméně myšlenka přetrvala a dnes podává Přírodovědecká fakulta JU společně s BC, Neonatologickým oddělením a Centrálními laboratořemi NČB podobně zaměřený projekt, navíc obohacený o zapojení algoritmů strojového učení. To vše za účelem zlepšení diagnostiky a predikce sepse u předčasně narozených dětí.
Na počátku byla potřeba NČB využít obrovského množství laboratorních a klinických dat pro výzkumné účely, a proto byla oslovena PřF JU, zda by v rámci společného projektu pomohla vytvořit jednotnou databázi, která by integrovala různé datové vstupy, např. již získané laboratorní výsledky, propouštěcí zprávy, nově získaná data z moderních analýz, včetně těch multiomických. První jednání proběhla mezi ředitelem Centrálních laboratoří MUDr. Miroslavem Vernerem a zástupci PřF JU, včetně mě. Dohodli jsme se, že o společný projekt máme velký zájem a začali jsme vymýšlet, jak začít. Impulsem k nasměrování k neonatologii byl primář Neonatologického oddělení NČB, prim. MUDr. Jiří Dušek, který již v minulých letech začal se sběrem velkého množství různých parametrů u nedonošených dětí, včetně např. složení podávané stravy. Proto jsme tuto oblast a konkrétně téma sepse u nedonošených dětí vybrali jako pilotní projekt pro vytvoření výše zmíněné chytré databáze.
Jako velký přínos vnímám zapojení firmy Anycare s.r.o., která podniká v oblasti zdravotnické telemetrie a digitálního zdraví. V této oblasti usiluje o vývoj digitálních nástrojů, které budou lékařům pomáhat analyzovat komplexní data pomocí algoritmů strojového učení, a tím umožnit určit přesnější diagnózu a zvolit nejvhodnější terapeutické řešení. Jelikož má firma Anycare z předchozích projektů zkušenosti se zpracováním zdravotnických dat, od jejich transformace do strojově čitelné podoby, až po zapojení digitálních robotů, bude její spolupráce na projektu podstatná. Díky tomu předpokládáme také silnější zaměření na aplikovatelné výsledky projektu.
Takže ten vývoj byl spíše postupný a další impulsy vedly ke konečnému vykrystalizování v současný zamýšlený projekt.
Byla motivací snaha napravit některé obtížně řešitelné problémy nebo spíš ambice rozvíjet existující systémy?
Jihočeský kraj je v situaci, kdy disponuje jednou z největších nemocnic v republice, která však není fakultní, tudíž se dlouhodobě nezaměřovala na vlastní medicínský výzkum, přestože se samozřejmě účastní různých klinických studií. Rozvíjenou spoluprací usilujeme o nastavení prostředí, v němž bude možné provádět základní i aplikovaný výzkum v oblasti biomedicíny s využitím obrovského množství dat a přístupu k pacientům, který dokáže zajistit jen velká nemocnice fakultního typu, kterou NČB dozajista je. Přítomnost JU a BC v blízkosti nemocnice umožňuje vědcům pomoci lékařům se zodpovězením otázek, na které narazí během každodenní praxe. Přesně takto vznikly otázky, které se budeme snažit zodpovědět a potřeby, jejichž řešení budeme hledat v rámci podávaného projektu. Takže motivací byla spíše snaha reagovat na specifické rozložení sil v jižních Čechách a vytvořit novou a funkční vědecko-výzkumnou platformu, zaměřenou na biomedicínský výzkum.
Dalším tématem, které s tím souvisí, je výuka a výchova budoucích odborníků v laboratorní medicíně, či klinické diagnostice. Na JU existuje několik studijních programů na Přírodovědecké a Zdravotně sociální fakultě, které se zaměřují na diagnostiku ve zdravotnictví. V této oblasti roste potřeba po vysoce kvalifikovaných odbornících, kteří budou umět využívat nejmodernější diagnostické metody a analyzovat a interpretovat jejich výsledky. Vedle tradičních metod se jedná především o omické metody, např. proteomiku či metabolomiku. Právě na analýzu a integraci výsledků z těchto metod bude zaměřena velká část připravovaného projektu a studenti diagnostických oborů budou do projektu zapojeni v rámci svých kvalifikačních pracích.
Podařila se nějaká rychlá vítězství nebo jste museli postupně budovat základnu pro získání účelných výstupů?
Na rychlá vítězství nevěřím, jedním takovým by však mohl být fakt, že výše popsaná spolupráce je s nadšením přijímána všemi zúčastněnými institucemi, které si uvědomují její dlouhodobý potenciál. Bohužel, jen na nadšení se spolupráce stavět nedá. Jsou třeba zdroje, které myšlenky a nápady přemění v realitu. Vzhledem k chybějící infrastruktuře a faktu, že se spolupráci na tomto partnerském půdorysu budeme teprve učit, je třeba začít nějakým projektem, který přinese jasné výsledky.
Pozitivní je, že můžeme metodologicky navázat na předchozí TA ČR projekt Maia, na kterém spolupracovalo BC, NČB a firma aiolite, která se později změnila na partnerskou firmu předkládaného projektu, firmu Anycare. Dosažené výsledky projektu pak mohou pomoci přesvědčit další investory, případně regionální samosprávu, že investice do vzniklého konsorcia má význam. Momentálně tedy budujeme základnu na úrovni několika partnerů, budujeme tým, který bude oporou budoucí spolupráce a pracujeme na vytvoření prostoru pro efektivní komunikaci a sdílení dat a informací. Vzhledem k citlivosti zpracovávaných dat je třeba postupovat opatrně a v souladu se všemi předpisy.
Když ještě přemýšlím o rychlých vítězstvích, tak musím zmínit, že velkou výhrou bylo zapojení Neonatologického oddělení NČB a pana primáře Duška. Jeho dlouholeté zkušenosti ze Švédska, kde působil v oboru, vedly k tomu, že sám, vlastními silami začal se sběrem pacientských dat. Tato data z období uplynulých čtyř let nyní poslouží jako základ pro vytvoření databáze a umožní již provádět některé základní analýzy.
Dosáhli jste už fáze, kterou bude stačit udržovat a těžit z přínosů nebo vnímáte nutnost rozvoje a prosazení dalších kroků?
Jak jsem již zmínil, jsme v prvních fázích rozvoje spolupráce a bude třeba postupovat uvážlivě, i vzhledem ke stávajícím personálním i finančním zdrojům. Bude nutné nastavit a zvyknout si na postupy sběru vzorků a dat, komunikaci či sdílení informací. Relativně brzy očekáváme první předběžné výsledky, na jejichž základě budeme volit další kroky, např. přípravu dalších projektů, jednání s investory, a podobně. Také věříme, že náš příklad bude stimulovat zájem dalších výzkumných skupin, případně zájem dalších oddělení NČB o zapojení do výzkumu. Jsem přesvědčen, že vznikající platforma či konsorcium bude do budoucna významným hráčem nejen v regionu, ale i v ČR.
Rozhovor připravil Martin Doležal.